Santé intestinale & microbiome : ce que dit la recherche

Un écosystème entier dans l’intestin

Notre tube digestif abrite environ 38 000 milliards de micro-organismes. C’est à peu près le même nombre de cellules que le corps humain lui-même (Sender et al., 2016). Cette communauté de plus de 1000 espèces bactériennes différentes est appelée microbiome intestinal. Ensemble, ces micro-organismes pèsent 1,5 à 2 kilogrammes et forment un écosystème complexe qui fait bien plus que simplement aider à la digestion.

Le Human Microbiome Project (2012), un projet de grande envergure des National Institutes of Health américains, a été le premier à cartographier systématiquement la diversité microbienne du corps humain. Les résultats montrent que le microbiome est aussi unique qu’une empreinte digitale. Chaque personne porte une combinaison distincte de souches bactériennes.

L’axe intestin-cerveau

L’intestin et le cerveau communiquent dans les deux sens via le nerf vague, des hormones et des neurotransmetteurs. Ce système de communication est appelé l’axe intestin-cerveau.

Un exemple particulièrement frappant : environ 90% de la sérotonine du corps est produite dans l’intestin (Yano et al., 2015). La sérotonine est un neurotransmetteur associé à l’humeur, au sommeil et au bien-être. Cela ne signifie pas que l’intestin contrôle seul l’humeur. Cependant, la recherche suggère que la composition du microbiome pourrait influencer la production de neurotransmetteurs.

Des études menées à l’Université Stanford sous la direction de Justin et Erica Sonnenburg montrent que les changements alimentaires peuvent modifier de manière mesurable la composition du microbiome en quelques jours seulement (Sonnenburg & Sonnenburg, 2014).

Prébiotiques, probiotiques et postbiotiques

Ces trois termes sont souvent confondus. Voici les différences :

Terme	Qu’est-ce que c’est ?	Exemples
Prébiotiques	Fibres indigestibles qui servent de nourriture aux bactéries intestinales bénéfiques	Inuline, amidon résistant, pectine (dans la chicorée, l’ail, les oignons, les bananes, l’avoine)
Probiotiques	Micro-organismes vivants pouvant influencer positivement la flore intestinale	Lactobacillus, Bifidobacterium (dans le yaourt, le kéfir, la choucroute, le kimchi, le miso)
Postbiotiques	Produits métaboliques des bactéries intestinales ayant des effets bénéfiques sur la santé	Acides gras à chaîne courte comme le butyrate, le propionate et l’acétate

Le butyrate en particulier est au centre de la recherche actuelle. Cet acide gras à chaîne courte est produit par les bactéries intestinales à partir des fibres alimentaires et pourrait renforcer la barrière intestinale ainsi que moduler les processus inflammatoires.

La diversité des fibres comme clé

L’American Gut Project (McDonald et al., 2018) a analysé les échantillons de selles de plus de 10 000 participants provenant de 45 pays. Un résultat central : les personnes consommant plus de 30 espèces végétales différentes par semaine présentaient une diversité du microbiome significativement plus grande que celles consommant moins de 10 espèces végétales.

Les espèces végétales comprennent :

• Légumes et fruits
• Légumineuses (lentilles, pois chiches, haricots)
• Céréales complètes (avoine, épeautre, quinoa)
• Noix et graines
• Herbes et épices
• Graminées (par ex. herbe d’orge, herbe de blé)

Ce qui compte n’est pas seulement la quantité de fibres (recommandation : 30 g par jour), mais surtout la variété. Différents types de fibres nourrissent différentes souches bactériennes.

Alimentation végétale et diversité du microbiome

Les résultats de recherche de Sonnenburg et al. suggèrent qu’une alimentation riche en fibres et axée sur les végétaux pourrait favoriser la diversité microbienne dans l’intestin. En revanche, une alimentation pauvre en fibres a été associée à une réduction de certaines espèces bactériennes.

L’American Gut Project a confirmé que le nombre de plantes différentes dans l’alimentation était le meilleur prédicteur de la diversité du microbiome. Plus fort que tout autre facteur examiné, y compris le fait de suivre un régime végétarien ou omnivore.

Ce qui peut nuire au microbiome

Certaines substances peuvent influencer négativement la composition du microbiome :

• Émulsifiants (par ex. polysorbate 80, carboxyméthylcellulose) : Des études de Chassaing et al. (2015) montrent que ces additifs, couramment utilisés dans les aliments transformés, peuvent altérer la couche de mucus de l’intestin et modifier la composition de la flore intestinale.
• Édulcorants artificiels : Suez et al. (2014) ont constaté que certains édulcorants artificiels peuvent modifier la composition du microbiome intestinal et affecter la tolérance au glucose.
• Antibiotiques : Nécessaires contre les infections bactériennes, mais ils éliminent aussi les bactéries bénéfiques. Des études montrent que le microbiome peut mettre des mois à se rétablir après un traitement antibiotique.
• Stress chronique : Via l’axe intestin-cerveau, le stress prolongé peut affecter la barrière intestinale et la composition microbienne.

Recommandations pratiques

La recherche suggère que quelques principes simples peuvent soutenir la santé intestinale :

• Augmenter la variété végétale : Viser 30 espèces végétales différentes par semaine. Les herbes et les épices comptent.
• Aliments fermentés : Intégrer régulièrement du yaourt, du kéfir, de la choucroute ou du kimchi dans l’alimentation.
• Manger riche en fibres : Légumineuses, céréales complètes, légumes et fruits constituent la base.
• Réduire les aliments transformés : Surtout ceux contenant des émulsifiants et des additifs artificiels.
• Augmenter progressivement : Si votre consommation actuelle de fibres est faible, augmentez-la étape par étape pour permettre à votre intestin de s’adapter.

Conclusion

Le microbiome intestinal est un domaine de recherche fascinant qui a fait d’énormes progrès ces dernières années. La recherche suggère qu’une alimentation diversifiée, riche en fibres et en aliments végétaux pourrait influencer positivement le microbiome. L’essentiel : la variété avant la quantité. Plus l’alimentation est colorée et variée, meilleures sont les conditions pour un écosystème intestinal sain.

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Sources :

• Sender R, Fuchs S, Milo R (2016). Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body. Cell.
• Human Microbiome Project Consortium (2012). Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature.
• Yano JM et al. (2015). Indigenous bacteria from the gut microbiota regulate host serotonin biosynthesis. Cell.
• Sonnenburg JL, Sonnenburg ED (2014). Starving our microbial self: the deleterious consequences of a diet deficient in microbiota-accessible carbohydrates. Cell Metabolism.
• McDonald D et al. (2018). American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems.
• Chassaing B et al. (2015). Dietary emulsifiers impact the mouse gut microbiota promoting colitis and metabolic syndrome. Nature.
• Suez J et al. (2014). Artificial sweeteners induce glucose intolerance by altering the gut microbiota. Nature.