Santé intestinale & microbiome : ce que dit la recherche

Un écosystème entier dans l’intestin

Notre tube digestif abrite environ 38 000 milliards de bactéries (estimation pour un homme de 70 kg). C’est à peu près le même nombre de cellules que le corps humain lui-même (Sender et al., 2016). Cette communauté est appelée microbiome intestinal. Dans une étude portant sur 124 personnes originaires d’Europe, l’ensemble du groupe comptait entre 1000 et 1150 espèces bactériennes courantes, et chaque personne au moins 160 (Qin et al., 2010). Ensemble, ces bactéries pèsent environ 200 grammes et forment un écosystème complexe qui fait bien plus que simplement aider à la digestion.

Le Human Microbiome Project (2012), un projet de grande envergure des National Institutes of Health américains, a étudié la diversité microbienne de personnes en bonne santé à différents endroits du corps, dans le plus grand groupe de participants étudié jusqu’alors. Les résultats montrent que le microbiome est aussi unique qu’une empreinte digitale. Chaque personne porte une combinaison distincte de souches bactériennes.

L’axe intestin-cerveau

L’intestin et le cerveau communiquent dans les deux sens via le nerf vague, des hormones et des neurotransmetteurs. Ce système de communication est appelé l’axe intestin-cerveau.

Un exemple particulièrement frappant : environ 90% de la sérotonine du corps est produite dans l’intestin (Yano et al., 2015). La sérotonine est un neurotransmetteur. Dans des expériences sur des souris, certaines bactéries intestinales ont favorisé la production de sérotonine dans des cellules de la muqueuse du côlon (Yano et al., 2015).

Une étude portant sur dix volontaires a montré que cinq jours seulement d’une alimentation exclusivement animale ou exclusivement végétale ont modifié de manière mesurable la composition du microbiome intestinal (David et al., 2014).

Prébiotiques, probiotiques et postbiotiques

Ces trois termes sont souvent confondus. Voici les différences :

Terme	Qu’est-ce que c’est ?	Exemples
Prébiotiques	Fibres indigestibles qui servent de nourriture aux bactéries intestinales bénéfiques	Inuline, amidon résistant, pectine (dans la chicorée, l’ail, les oignons, les bananes, l’avoine)
Probiotiques	Micro-organismes vivants qui, ingérés en quantité suffisante, apportent un bénéfice pour la santé de l’organisme (définition de la FAO et de l’OMS)	Lactobacillus, Bifidobacterium (dans le yaourt, le kéfir, la choucroute, le kimchi, le miso)
Postbiotiques	Préparations de micro-organismes inactivés et/ou de leurs composants qui apportent un bénéfice pour la santé (définition de l’association scientifique ISAPP, 2021)	Micro-organismes inactivés ou composants cellulaires, avec ou sans métabolites

Le butyrate en particulier est au centre de la recherche actuelle. Cet acide gras à chaîne courte est produit par les bactéries intestinales à partir des fibres alimentaires. Son rôle dans l’intestin fait l’objet de recherches actives.

La diversité des fibres comme clé

L’American Gut Project (McDonald et al., 2018) a analysé les échantillons de selles de plus de 10 000 participants provenant de 45 pays et territoires, la plupart des États-Unis, du Royaume-Uni et d’Australie. Un résultat central : les personnes consommant plus de 30 espèces végétales différentes par semaine présentaient une diversité du microbiome significativement plus grande que celles consommant moins de 10 espèces végétales.

Les espèces végétales comprennent :

• Légumes et fruits
• Légumineuses (lentilles, pois chiches, haricots)
• Céréales complètes (avoine, épeautre, quinoa)
• Noix et graines
• Herbes et épices
• Graminées (par ex. herbe d’orge, herbe de blé)

Outre la quantité de fibres (recommandation : 30 g par jour), la variété des types de fibres favorise probablement aussi une communauté bactérienne plus diversifiée (McDonald et al., 2018). Différents types de fibres nourrissent différentes souches bactériennes. Les légumineuses, les noix et les graines ont une teneur élevée en fibres, tout comme les céréales complètes (DGE).

Alimentation végétale et diversité du microbiome

Les résultats de recherche de Sonnenburg et al. suggèrent qu’une alimentation riche en fibres et axée sur les végétaux pourrait favoriser la diversité microbienne dans l’intestin. En revanche, une alimentation pauvre en fibres a été associée à une réduction de certaines espèces bactériennes.

L’American Gut Project a montré que le nombre de plantes différentes dans l’alimentation était lié à la diversité du microbiome, tandis que les types d’alimentation, végane ou omnivore par exemple, n’expliquaient presque rien (McDonald et al., 2018).

Ce qui peut modifier le microbiome

Différents facteurs peuvent modifier la composition du microbiome :

• Antibiotiques : Nécessaires contre les infections bactériennes, mais ils réduisent aussi les bactéries intestinales bénéfiques. Chez douze hommes en bonne santé ayant pris trois antibiotiques pendant quatre jours, le microbiome s’est en grande partie rétabli en un mois et demi environ. Neuf espèces bactériennes courantes restaient toutefois indétectables chez la plupart d’entre eux après six mois (Palleja et al., 2018).
• Stress : Dans des expériences sur des animaux, différents facteurs de stress ont modifié la composition du microbiome intestinal. Chez l’être humain, les données restent rares à ce jour (Karl et al., 2018).

Recommandations pratiques

Quelques principes simples pour le quotidien :

• Augmenter la variété végétale : Viser 30 espèces végétales différentes par semaine. Les herbes et les épices comptent.
• Aliments fermentés : Intégrer régulièrement du yaourt, du kéfir, de la choucroute ou du kimchi dans l’alimentation.
• Manger riche en fibres : Légumineuses, céréales complètes, légumes et fruits constituent la base.
• Réduire les aliments transformés.
• Augmenter progressivement : Si votre consommation actuelle de fibres est faible, augmentez-la étape par étape pour permettre à votre intestin de s’adapter.

Conclusion

Le microbiome intestinal est un domaine de recherche fascinant qui a fait d’énormes progrès ces dernières années. La recherche associe une alimentation diversifiée, riche en fibres et en aliments végétaux, à un microbiome plus diversifié. Fait marquant : le nombre de plantes différentes était lié à la diversité du microbiome, le type d’alimentation presque pas.

En savoir plus sur les fibres alimentaires, leurs effets et des conseils pratiques : Fibres alimentaires : le nutriment sous-estimé.

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Sources :

• Sender R, Fuchs S, Milo R (2016). Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body. PLOS Biology, 14(8), e1002533. DOI: 10.1371/journal.pbio.1002533
• Qin J, Li R, Raes J et al. (2010). A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature, 464(7285), 59-65. DOI: 10.1038/nature08821
• Human Microbiome Project Consortium (2012). Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature, 486(7402), 207-214. DOI: 10.1038/nature11234
• Yano JM, Yu K, Donaldson GP, Shastri GG, Ann P, Ma L, Nagler CR, Ismagilov RF, Mazmanian SK, Hsiao EY (2015). Indigenous bacteria from the gut microbiota regulate host serotonin biosynthesis. Cell, 161(2), 264-276. DOI: 10.1016/j.cell.2015.02.047
• David LA, Maurice CF, Carmody RN et al. (2014). Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature, 505(7484), 559-563. DOI: 10.1038/nature12820
• Hill C, Guarner F, Reid G, Gibson GR, Merenstein DJ et al. (2014). The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 11(8), 506-514. DOI: 10.1038/nrgastro.2014.66
• Salminen S, Collado MC, Endo A, Hill C, Lebeer S et al. (2021). The International Scientific Association of Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of postbiotics. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 18(9), 649-667. DOI: 10.1038/s41575-021-00440-6
• Sonnenburg ED, Sonnenburg JL (2014). Starving our microbial self: the deleterious consequences of a diet deficient in microbiota-accessible carbohydrates. Cell Metabolism, 20(5), 779-786. DOI: 10.1016/j.cmet.2014.07.003
• McDonald D, Hyde E, Debelius JW, Morton JT, Gonzalez A et al. (2018). American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems, 3(3), e00031-18. DOI: 10.1128/mSystems.00031-18
• Deutsche Gesellschaft für Ernährung (DGE). Questions et réponses choisies sur les fibres alimentaires (en allemand). dge.de
• Palleja A, Mikkelsen KH, Forslund SK et al. (2018). Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure. Nature Microbiology, 3(11), 1255-1265. DOI: 10.1038/s41564-018-0257-9
• Karl JP, Hatch AM, Arcidiacono SM, Pearce SC, Pantoja-Feliciano IG, Doherty LA, Soares JW (2018). Effects of Psychological, Environmental and Physical Stressors on the Gut Microbiota. Frontiers in Microbiology, 9, 2013. DOI: 10.3389/fmicb.2018.02013