Aliments fermentés : kimchi, choucroute et compagnie

Qu’est-ce que la fermentation ?

La fermentation est un procédé ancestral de conservation des aliments dans lequel des micro-organismes tels que bactéries, levures ou moisissures dégradent des composés organiques. La forme la plus courante est la fermentation lactique (lactofermentation). Les bactéries lactiques transforment les sucres en acide lactique. Cela abaisse le pH de l’aliment et le rend stable, car les agents pathogènes ne peuvent pas se multiplier dans un milieu acide.

Les aliments fermentés sont consommés depuis des milliers d’années (Marco et al., 2021). La choucroute est considérée comme l’une des formes les plus répandues de chou conservé, dont l’origine remonte au 4e siècle av. J.-C. (Dimidi et al., 2019). En Corée, le poisson, la viande, les légumineuses et les légumes sont conservés par fermentation lactique depuis plus de 1500 ans, et le kimchi en est un exemple traditionnel (Patra et al., 2016). Ce qui a commencé comme une méthode de conservation est aujourd’hui au centre de la recherche en nutrition, car les aliments fermentés contiennent des micro-organismes vivants qui sont étudiés dans la recherche sur le microbiome intestinal.

Panorama des aliments fermentés

La diversité des aliments fermentés est considérable. Chaque culture a ses propres traditions :

Aliment	Origine	Matière première	Cultures dominantes
Choucroute	Europe	Chou blanc	Leuconostoc mesenteroides, Lactiplantibacillus plantarum, Levilactobacillus brevis
Kimchi	Corée	Chou chinois, radis	Lactobacillus, Leuconostoc
Kéfir	Caucase	Lait	Lactobacillus, Saccharomyces
Kombucha	Asie de l’Est	Thé sucré	Acetobacter, Saccharomyces
Miso	Japon	Soja, riz	Aspergillus oryzae
Tempeh	Indonésie	Soja	Rhizopus oligosporus
Yaourt	Asie centrale	Lait	L. bulgaricus, S. thermophilus

Important : tous les aliments fermentés ne contiennent pas encore des cultures vivantes. La bière, le vin et le pain au levain passent par une fermentation, mais les micro-organismes sont détruits par la chaleur ou la filtration.

Micro-organismes : Lactobacillus et Bifidobacterium

Deux genres dominent la recherche sur les aliments fermentés :

Lactobacillus fait partie des bactéries lactiques, qui comptent parmi les micro-organismes les plus importants et les plus couramment utilisés dans la fermentation des aliments (Marco et al., 2021). Plusieurs études chez l’être humain ont montré que des micro-organismes issus d’aliments fermentés peuvent survivre au passage dans l’estomac et atteindre le côlon (Marco et al., 2021).

Bifidobacterium est naturellement présent dans l’intestin humain. Selon le Codex Alimentarius, le yaourt est fabriqué avec Streptococcus thermophilus et Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus, et le kéfir avec des grains de kéfir qui contiennent notamment Lactobacillus kefiri, Leuconostoc, Lactococcus, Acetobacter et des levures. D’autres micro-organismes peuvent être ajoutés (FAO/WHO, 2010). Les bifidobactéries produisent de l’acétate et du lactate. D’autres bactéries intestinales productrices de butyrate peuvent utiliser ces substances (Rivière et al., 2016).

Une déclaration de consensus de Marco et al. (2021) parue dans Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology indique que des vitamines, des dérivés d’acides aminés, des acides organiques et des cofacteurs, ainsi que des composés bioactifs comme des peptides bioactifs, peuvent se former lors de la fermentation.

L’étude de Stanford

Une étude très citée de Wastyk et al. (2021), menée à la Stanford School of Medicine et publiée dans Cell, a comparé deux interventions alimentaires sur 10 semaines chez 36 adultes en bonne santé :

• Groupe 1 : Augmentation de la consommation d’aliments fermentés à 6 portions par jour (yaourt, kéfir, kimchi, choucroute, kombucha).
• Groupe 2 : Augmentation de l’apport en fibres à plus de 40 g par jour.

L’étude a observé une augmentation de la diversité du microbiome au cours de l’intervention dans le groupe consommant des aliments fermentés. Les auteurs citent comme limites la petite taille de l’échantillon (18 personnes par groupe) et l’absence de groupe témoin. Le groupe fibres n’a montré ni augmentation de la diversité ni modification uniforme de la composition du microbiome. Dans ce groupe, les enzymes codées par le microbiome qui dégradent les glucides (CAZymes) ont augmenté.

Cela ne signifie pas que les fibres sont moins importantes. L’étude suggère que les aliments fermentés et les fibres peuvent agir sur le microbiome de manières différentes. La combinaison des deux approches est discutée dans la recherche actuelle.

Intolérance à l’histamine : quand la prudence s’impose

Les aliments fermentés ne sont pas tolérés de la même façon par tout le monde. Certaines bactéries lactiques produisent de l’histamine, de la tyramine et d’autres amines biogènes lors de la fermentation (Marco et al., 2021). Les personnes souffrant d’intolérance à l’histamine peuvent développer des symptômes tels que troubles digestifs, maux de tête ou réactions cutanées après avoir consommé des aliments contenant de l’histamine, comme le fromage ou le vin rouge (Comas-Basté et al., 2020).

Toute personne qui ressent régulièrement des inconforts après la consommation d’aliments fermentés devrait consulter un médecin.

Tous les aliments fermentés ne contiennent pas la même quantité d’histamine. Le yaourt frais et le kéfir sont généralement mieux tolérés que les produits longuement affinés comme la choucroute ou le kombucha.

Fermenté vs. pasteurisé : à quoi faire attention lors de l’achat

De nombreux produits fermentés disponibles dans le commerce sont pasteurisés après la fermentation. Les cultures vivantes sont alors détruites par la chaleur. Cela prolonge la durée de conservation, mais les cultures vivantes ne sont alors plus présentes.

Points à vérifier :

• Rayon réfrigéré plutôt qu’étagère : Les produits non pasteurisés se trouvent au rayon frais. La choucroute en conserve ou en bocal à température ambiante est presque toujours pasteurisée.
• Vérifier la liste des ingrédients : Le produit contient-il du vinaigre au lieu d’une acidité naturelle ? Dans ce cas, il n’a pas été fermenté mais mariné dans du vinaigre.
• Mentions sur l’emballage : Des termes comme “cru”, “non pasteurisé”, “avec des cultures vivantes” ou “naturel” indiquent un produit non chauffé.
• Préparer soi-même : La choucroute et le kimchi se préparent facilement à la maison. Il suffit de légumes, de sel et d’un bocal.

Conseils pratiques : intégrer les aliments fermentés au quotidien

L’étude de Stanford utilisait 6 portions d’aliments fermentés par jour. C’est un objectif ambitieux. Pour commencer, de petites quantités que l’on augmente progressivement suffisent.

• Le matin : Yaourt nature ou kéfir au petit-déjeuner. A combiner avec des flocons d’avoine, des noix et des fruits.
• Le midi : 2 à 3 cuillères à soupe de choucroute ou de kimchi en accompagnement. Se marie bien avec du riz, des salades ou des bowls.
• Le soir : Soupe miso en entrée. Dissoudre la pâte de miso dans de l’eau chaude (pas bouillante) pour préserver les cultures.
• Entre les repas : Un petit verre de kombucha ou de kéfir d’eau comme alternative aux boissons sucrées.

Important : les aliments fermentés ne doivent pas être chauffés, car les températures élevées détruisent les cultures vivantes. Lorsque vous ajoutez de la choucroute en accompagnement, ajoutez-la après la cuisson.

Conclusion

Les aliments fermentés allient une tradition millénaire à la recherche nutritionnelle moderne. L’étude de Stanford de Wastyk et al. (2021) a observé une augmentation de la diversité du microbiome dans le groupe à forte consommation d’aliments fermentés. La qualité est essentielle : seuls les produits non pasteurisés contiennent des cultures vivantes. Intégrer progressivement des aliments fermentés dans ses repas quotidiens apporte de la variété à l’assiette.

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Sources :

• Wastyk HC, Fragiadakis GK, Perelman D, Dahan D, Merrill BD, Yu FB, Topf M, Gonzalez CG, Van Treuren W, Han S, Robinson JL, Elias JE, Sonnenburg ED, Gardner CD, Sonnenburg JL (2021). Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell, 184(16), 4137-4153.e14. DOI: 10.1016/j.cell.2021.06.019
• Marco ML, Sanders ME, Gänzle M, Arrieta MC, Cotter PD, De Vuyst L, Hill C, Holzapfel W, Lebeer S, Merenstein D, Reid G, Wolfe BE, Hutkins R (2021). The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on fermented foods. Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology, 18(3), 196-208. DOI: 10.1038/s41575-020-00390-5
• Dimidi E, Cox SR, Rossi M, Whelan K (2019). Fermented Foods: Definitions and Characteristics, Impact on the Gut Microbiota and Effects on Gastrointestinal Health and Disease. Nutrients, 11(8), 1806. DOI: 10.3390/nu11081806
• Patra JK, Das G, Paramithiotis S, Shin HS (2016). Kimchi and Other Widely Consumed Traditional Fermented Foods of Korea: A Review. Frontiers in Microbiology, 7, 1493. DOI: 10.3389/fmicb.2016.01493
• Zheng J, Wittouck S, Salvetti E, Franz CMAP, Harris HMB, Mattarelli P, O’Toole PW, Pot B, Vandamme P, Walter J, Watanabe K, Wuyts S, Felis GE, Gänzle MG, Lebeer S (2020). A taxonomic note on the genus Lactobacillus: Description of 23 novel genera, emended description of the genus Lactobacillus Beijerinck 1901, and union of Lactobacillaceae and Leuconostocaceae. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 70(4), 2782-2858. DOI: 10.1099/ijsem.0.004107
• Codex Alimentarius Commission, FAO/WHO (2003, révisions 2008 et 2010). Standard for Fermented Milks. CODEX STAN 243-2003.
• Rivière A, Selak M, Lantin D, Leroy F, De Vuyst L (2016). Bifidobacteria and Butyrate-Producing Colon Bacteria: Importance and Strategies for Their Stimulation in the Human Gut. Frontiers in Microbiology, 7, 979. DOI: 10.3389/fmicb.2016.00979
• Comas-Basté O, Sánchez-Pérez S, Veciana-Nogués MT, Latorre-Moratalla M, Vidal-Carou MDC (2020). Histamine Intolerance: The Current State of the Art. Biomolecules, 10(8), 1181. DOI: 10.3390/biom10081181